Los antibióticos que DEBEN EVITARSE en conejos son: amoxicilina, amoxicilina-ácido clavulánico, ampicilina, cefalosporinas, clindamicina, eritromicina y lincomicina. Los antibióticos que se consideran más seguros (aunque cualquier fármaco con actividad antibacteriana puede causar reacciones adversas y alteración gastrointestinal), son: combinaciones de sulfa-trimetoprim, cloranfenicol, enrofloxacina, ciprofloxacina, aminoglicósidos (deben tomarse las mismas precauciones que en otras especies como estado de hidratación y tiempo de tratamiento) y metronidazol. Otras opciones de antibióticos que se consideran seguros para la especie: amikacina, azitromicina, cefotaxima, clortetraciclina, doxiciclina, gentamicina, marbofloxacino, moxifloxacino, rifampicina. Antifúngicos en conejos: Clotrimazol o miconazol tópicos, fluconazol, itraconazol. Las penicilinas, cefalosporinas y ampicilinas se pueden usar SÓLO por VÍA PARENTERAL.